A Salmonella é uma bactéria da família Enterobacteriaceae normalmente encontrada no trato entérico de diferentes animais. Este microrganismo é classificado em mais de 2.500 sorotipos. As salmonelas do sorotipo Gallinarum, que inclui os biovares Gallinarum e Pullorum, infectam as aves causando tifo aviário e pulorose, respectivamente. Surtos destas doenças têm ocorrido em lotes de produção industrial de aves no Brasil, causando grandes perdas econômicas. A redução de casos destas doenças em granjas avícolas tem sido obtida com programas de biosseguridade e utilização de vacina comercial específica nos lotes em produção. O objetivo deste estudo foi aplicar métodos baseados na técnica da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR, Polymerase Chain Reaction) para detecção molecular específica dos biovares Gallinarum e Pullorum a partir de isolados bacterianos de recentes surtos. As amostras utilizadas incluíram 91 isolados de Salmonella previamente sorotipados (incluindo dez isolados de Gallinarum e oito de Pullorum) e provenientes de aviários não vacinados do Brasil entre 2011 e 2014. A metodologia consistiu em extração de DNA, detecção genérica de Salmonella pela PCR em tempo real (gene invA), e detecção específica dos biovares por dois PCRs independentes (genes glgC e speC). Os resultados foram visualizados por eletroforese em gel de poliacrilamida. Na análise das 91 amostras, os dez isolados do sorotipo Gallinarum e os oito de Pullorum foram detectados especificamente pelos testes de PCR. Os demais isolados (previamente identificados como sorotipos Enteritidis, Typhimurium e outros) apresentaram resultado negativo nos testes de detecção específica. Concluindo, o presente estudo demonstra a efetividade dos testes de PCR na detecção específica de isolados de Salmonella de sorotipos associados a surtos de tifo aviário e pulorose em aves. Esta metodologia é uma alternativa eficiente, podendo substituir os métodos bioquímicos e sorológicos atualmente utilizados.