A salmonelose é um das doenças bacterianas animais mais comuns em todo mundo. Bactérias do gênero Salmonella evoluíram como patógenos nos últimos 100 milhões de anos. A patogenicidade de cada cepa de Salmonella está associada a um “arsenal” de genes (e consequentemente proteínas) de virulência adquirido em diferentes momentos do processo evolutivo. A identificação de cada sorotipo, essencial para a caracterização do isolado, envolve uma série de antisoros e pode ser demorada. O principal objetivo deste estudo foi realizar a identificação de sorotipos de Salmonella presentes em aves pela amplificação e sequenciamento de região variável (operon rrnH) e que codifica RNAs ribossomais. As amostras consistiram de 30 isolados de Salmonella obtidos a partir de amostras de granjas de aves. Estes isolados foram submetidos à sorotipagem tradicional e também à amplificação de uma região intergênica do operon rrnH. Os produtos de amplificação foram purificados, quantificados e seqüenciados. Os resultados obtidos foram comparados com dados de referência de sorotipos de Salmonella depositados no banco de dados do GenBank. Em geral, os isolados de mesmo sorotipo (Typhimurium, Enteritidis, Heidelberg, etc.) apresentaram sequências idênticas, iguais às informações de cepas de referência. Os resultados obtidos demonstram a possibilidade de caracterização molecular de sorotipos de Salmonella de aves pela análise da região intergênica do operon rrnH .