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O ácido clorogênico integra o grupo dos fenóis antioxidantes e atua em diversos sistemas biológicos, sendo associados a atividades antitumoral, analgésica, antimicrobiana, antioxidante, antiaterosclerose e antidiabetes. Este polifenol além de ser abundante no café, pode também ser encontrado na erva mate, ameixa, maçã e batata. Os isômeros do ácido clorogênico são denominados conforme a posição do grupo hidroxila na qual ocorre a esterificação do ácido quínico. Quando a isomeria encontra-se na posição 3 é denominado de ácido 3-O-cafeoilquínico (3-ACQ), e quando ocorre na posição 5 é chamado de ácido 5-O-cafeoilquínico (5-ACQ). O presente estudo tem como objetivo avaliar a atividade antimutagênica do 3-ACQ e 5-ACQ através do teste para detecção de Mutação e Recombinação Somática (SMART) em D. melanogaster, nos protocolos de co- e pós-tratamento, sobre os danos genéticos induzidos pelo etil-metanosulfonato (EMS) e pela 4-nitroquinoleína-1-óxido (4NQO). Os dois isômeros, nas concentrações de 200, 400 e 800 µM, não foram capazes de modular a atividade mutagênca do EMS nos protocolos de co- e pós-tratamento. Por outro lado, o 3-ACQ, na concentração de 400 µM, e o 5-ACQ, nas três concentrações utilizadas, foram capazes de reduzir a incidência de danos genéticos induzidos pela 4NQO no protocolo de co-tratamento. Não foram observados efeitos moduladores dos ácidos clorogênicos frente aos danos induzidos pela 4NQO no sistema de pós-tratamento. Os resultados apontam para um efeito protetor dos ácidos clorogênicos 3-ACQ e 5-ACQ sobre danos oxidativos induzidos no DNA pelo 4NQO e que esta proteção pode estar associada à atividade antioxidante, descrita na literatura científica.