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A Fibromialgia (FM) é uma síndrome caracterizada, principalmente, por dor crônica musculoesquelética difusa, sendo mais prevalente entre as mulheres. Transtornos de ansiedade e depressão também são associados à condição. O presente trabalho tem por objetivo avaliar as frequências alélicas e genotípicas do polimorfismo Val66Met (rs6265) do gene do BDNF em pacientes com FM e controles saudáveis e analisar se o polimorfismo está associado com a sintomatologia depressiva nos pacientes com FM. Características clínicas e sociodemográficas dos participantes foram obtidas através de entrevista com questionário estruturado. Os pacientes e controles foram avaliados para depressão através do instrumento Beck Depression Inventory (BDI - II), validado em português. O BDI contém um escore que varia de 0 a 63 pontos, sendo que um escore <10 significa ausência de sintomatologia depressiva. A identificação dos genótipos do polimorfismo ocorreu através da reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real utilizando ensaios validados TaqMan. O estudo foi composto de 108 pacientes com FM e 108 controles saudáveis pareados por sexo e idade. A média de idade apresentada nos pacientes e controles foi de 50,2 ± 9,5 e 49,5 ± 9,5 anos, respectivamente. A média dos escores obtidos no BDI foi de 22,0 ± 12,7 e 3,5 ± 2,8 para pacientes e controles, respectivamente (p<0,001). No presente trabalho observou-se uma diferença estatisticamente significativa nas frequências alélicas do polimorfismo Val66Met, entre casos e controles (p=0,045). Contudo, o polimorfismo Val66Met não foi associado à sintomatologia depressiva.